در حدود سال 1238 هجری قمری، سیل عظیمی‌آمد و تمام اراضی مزروعی و باغات اطراف شهرری را آب فرا گرفت و بعضی از مناطق را تخریب نمود که در این حادثه، واقعه عجیبی نیز اتفاق افتاد و بعد از سالیانی طولانی قبر شیخ صدوق منکشف شده و بدن شریف وی تازه و معطر و کاملا سالم و بدون هیچگونه تغییر و عیب و نقصی هویدا گردید. تفصیل این واقعه را بسیاری از بزرگان در کتب خود، مانند: خوانساری در کتاب روضات، تنکابنی در کتاب قصص العلمأ، مامقانی در کتاب تنقیح المقال، خراسانی در کتاب منتخب التواریخ، قمی‌در کتاب فوائد الرضویه و رازی در کتاب اختران فروزان ری و همچنین در مقدمه کتب مرحوم صدوق، از جمله کتاب کمال الدین صدوق و مقدمه کتاب خصال صدوق نقل نموده‌اند.اما شرح واقعه چنین است:
باغ مستوفی در اطراف شهرری، یکی از باغاتی بود که در آنجا زراعت می‌کردند. اتفاقا سیل عظیمی‌آمد و تمامی‌اراضی مزروعی را آب فراگرفت و بسیاری از مکانها را تخریب نمود. بر اثر آب باران، حفره و شکافی عمیق، در باغ مستوفی نیز پدید آمد. هنگامی‌که به اصلاح و مرمت این قسمت مشغول بودند، سردابی ظاهر شد که آب قسمتی از آن را تخریب کرده بود.وقتی که برای بازرسی و جستجو به آنجا وارد شدند، جسدی را مشاهده کردند که تمام اعضأ بدن آن سالم و تازه به نظر می‌رسید و هیچگونه عیب و نقصی در آن دیده نمی‌شد، و با صورتی نیکو آرمیده بود! و هنوز اثر خضاب کردن بر ناخنهایش مشهود بود! و ناخنهای یک دست را گرفته و ناخن دست دیگر را نگرفته بود و محاسن شریفش روی سینه‌اش ریخته بود و بدن چنان سالم و تازه بود که چنین به نظر می‌آمد تازه از حمام بیرون آمده است و فقط رشته‌های نخ پوسیده کفن که از هم گسسته شده بود در اطراف جسد بر روی خاک ریخته بود!این خبر در شهرری و تهران، به سرعت دهان به دهان گشت؛ و مردم فورا به سلطان وقت اطلاع دادند. به دستور سلطان، سریعا گروهی از علمأ و افراد سرشناس و صاحب نفوذ، که در بین ایشان مرحوم حاج آقا محمد آل آقا کرمانشاهی و مرحوم میرزا ابوالحسن جلوه، حکیم گرانمایه آن روزگار و مرحوم آیة الله ملا محمد رستم آبادی و مرحوم علامه سید محمود مرعشی نجفی حضور داشتند؛ انتخاب و برای بررسی وضعیت در منطقه حضور پیدا کردند و وارد سرداب شدند و پس از تایید اصل قضیه، برای شناسایی جسد، شروع به تفحص و جستجو نمودند. با تفحص و بررسی‌های انجام شده در سرداب، متوجه لوح و سنگ قبری می‌شوند که بر روی آن چنین نوشته شده است: هذا المرقد العالم الکامل المحدث، ثقة الامحدثین، صدوق الطایفه، ابوجعفر محمد بن علی بن حسین بن موسی بن بابویه قمی.
پس از بررسی‌های کامل و پیدا شدن این سنگ نبشته و تایید علمأ و امینان مردم، در صحت و شناسایی جسد مطهر شیخ صدوق، جای هیچگونه تردیدی باقی نماند؛ و لذا دستور دادند، سرداب را بازسازی کنند و در آن را بستند و حفره پدید آمده را نیز مرمت کردند و بنایی مناسب بر آن ساختند و به بهترین وجه تزیین و آیینه کاری نمودند.
مرحوم آیة الله مرعشی نجفی کلامی‌را نیز در ادامه بیان می‌دارند که: ” مرحوم پدرم، علامه سید محمد مرعشی نجفی می‌فرمودند: من دست آن بزرگوار را بوسیدم و دیدم که تقریبا پس از نهصد سال که از مرگ و دفن شیخ صدوق می‌گذرد، دست ایشان، بسیار نرم و لطیف بود. “
منبع: مقدمه کتاب من لا یحضره الفقیه و کتاب روضات الجنات خوانساری
